Instytucją Zarządzającą Programem Pomoc Techniczna jest Minister Rozwoju Regionalnego. Obowiązki Instytucji Zarządzającej Programem pełni Departament Programów Pomocowych i Pomocy Technicznej i to on odpowiada za zarządzanie i wdrażanie Programu Operacyjnego Pomoc Techniczna 2007-2013.
W związku z powyższym, Instytucja Zarządzająca jest odpowiedzialna za opracowanie systemu realizacji, w szczególności za:
-
przepływy finansowe,
-
przepływ dokumentów,
-
zasady wydatkowania środków finansowych w ramach Programu,
-
prowadzenie odpowiednich systemów księgowych sprawozdawczości finansowej,
-
monitorowanie i raportowanie o nieprawidłowościach oraz kwotach nienależnie wypłaconych,
-
przechowywanie informacji o wydatkach i audytach.
Jest także odpowiedzialna za przygotowanie szczegółowych zasad i procedur obowiązujących w poszczególnych osiach priorytetowych Programu.