Beneficjentami Programu Operacyjnego Pomoc Techniczna 2007-2013 są następujące instytucje systemu wdrażania Narodowej Strategii Spójności:
-
Instytucja Koordynująca NSRO w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego,
-
Instytucja Strategiczna w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego,
-
Instytucja Zarządzająca Podstawami Wsparcia Wspólnoty w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego,
-
Krajowa Jednostka Oceny w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego,
-
Instytucja Koordynująca Regionalne Programy Operacyjne w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego,
-
Instytucje Zarządzające poszczególnymi programami operacyjnymi wdrażanymi centralnie, departamenty w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego,
-
Instytucje Pośredniczące w administracji rządowej,
-
Instytucje Wdrażające (Pośredniczące II stopnia) w administracji rządowej,
-
Instytucja Certyfikująca, departament w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego,
-
Instytucje Pośredniczące w certyfikacji i Kontrolerzy I stopnia w programach Europejskiej Współpracy Terytorialnej w Urzędach Wojewódzkich,
-
Instytucja Audytowa w Ministerstwie Finansów,
-
Urzędy Kontroli Skarbowej,
-
Jednostka odpowiedzialna za otrzymywanie i przekazywanie płatności w Ministerstwie Finansów,
-
Operator krajowego systemu informatycznego wspomagającego realizację NSRO/PWW w Ministerstwie Finansów,
-
Jednostki w Ministerstwie Finansów i Ministerstwie Rozwoju Regionalnego odpowiedzialne za wsparcie jednostek realizujących NSRO,
-
Jednostka odpowiedzialna za weryfikację zasady dodatkowości w Ministerstwie Finansów,
-
Instytucja Zarządzająca/Instytucja Krajowa dla programów Celu Europejska Współpraca Terytorialna w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego,
-
Jednostka odpowiedzialna za promocję i informację NSRO w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego,
-
Instytucja Zarządzająca Programem Operacyjnym Pomoc Techniczna w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego,
-
Organy administracji rządowej zajmujące się zagadnieniami obszarów Natura 2000 oraz ocen oddziaływania na środowisko,
21. Urząd Zamówień Publicznych 
22. Urząd Ochrony Konkurencji i Konsumentów